Bazilika počas svojej viac ako 650 ročnej tradície mala viacero hlavných oltárov. Z toho najstaršieho sa dodnes zachovala už len socha hlavného patróna chrámu, sv. Egida, ktorá sa dnes nachádza na stene v kaplnke Panny Márie. Z obdobia renesancie pochádza oltárny obraz Prebodnutie kopijou, ktorý je dielom bardejovského maliara Petra Stöckla. Dnešný oltár, nachádzajúci sa vo svätyni Baziliky, je najväčším neogotickým oltárom na Slovensku a jeho tvorcom je Móric Hölzel.

Autorom sochy sv. Egida z pôvodného stredovekého oltára je poľský majster Jakub z Nového Sącza.

Obr.1. Interiér baziliky v roku 1930 (archív PÚ SR).
Obr.2. pôdorys baziliky (podľa Božová – Drobniak – Gutek).
Obr.3. Móric Hölzel.(zdroj internet).
Obr.4. Peter Paul Rubens – Prebodnutie kópiou 1620 (zdroj internet).